Velvet

1. 下载并安装

Velvet 是一个老牌的基因组测序数据拼接软件。Velvet最新版本是1.2.10，可以访问 官方网站 下载源代码包，也可以通过克隆 软件仓库 的方式获得最新的源代码。

下载源代码

普通用户可以下载源代码包自行编译获得软件。

~$ cd /tmp
~/tmp$ wget https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.2.10.tgz
~/tmp$ tar xvf velvet_1.2.10.tgz -C ~/app/velvet

克隆代码仓库

如果在软件运行中遇到问题，想试用最新版代码，或是有能力提交issues，或者想改进软件参与开源代码编写的可以选择克隆代码库的方式。

~$ cd ~/tmp
~/tmp$ git clone https://github.com/dzerbino/velvet.git

编译安装

make可以进行编译，有几个编译参数可以选择，分别是MAXKMERLENGTH, DIRECTORY

~$ cd ~/app/velvet
~/app/velvet$ make 'MAXKMERLENGTH=127'
~/app/velvet$ sudo cp velveth velvetg /usr/local/sbin

2. 拼接基因组

velvet软件由2个可执行文件 velveth 和 velvetg 组成。

~$ velvet

3. 其他组件

~$

Reference

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