网上资源
将网络上一些关于微生物NGS相关的学习资源和工具网站纪录在此，方便查找与整理。注：部分网站需要翻墙。
交流社区
测序相关的论坛和问答社区，社交化的科研工作者交流平台。
综合性网站
测序技术与生物信学综合类信息与新闻网站
免费课程资料
国外院校举办的生物信息学与高通量测序技术培训所提供的授课资料。
- Bioinformatics Courses at Penn State
- ANGUS bioinformatics
- UC Davis training
- UC Texas at Austin wiki
- BPA-CSIRO Workshops
- VIB Training
教学与资源
关于生物信息学与高通量测序技术相关内容的博客和网站。
- 糗世界 最近域名被墙了，暂时用这个 地址 访问：
- YGC
- Biostack
- 宠辱不惊 一心问学
- 每日一生信
- 佛说有缘
- Bacterial Genomics
- Genome Unzipped
- Titus’s blog
- Blue Collar Bioinformatics
- Mass Genomis
- Next Genetics
- Getting Genetics Done
- Omics!
- Pathogens genes & genomes
- Opiniomics
- YOKOFAKUN
- In between lines of code
- Core-genome
- NGS wiki book
- omictools
- omicsmaps
在线工具和数据库
- PATRIC 非常棒的病原菌资源整合类数据库，用户界面设计比较友好，各种异步读取速度很快用户体验不错。
- ARDB 马里兰大学维护的耐药基因数据库，可惜2009年已经停止更新。
- CARD 加拿大麦克马斯特大学维护的病原微生耐药数据库。
- VFDB 中国医学科学院病原系统生物学研究室创建的病原菌毒力基因数据库
- MVIRDB Lawrence Livermore National Laboratory 创建毒力基因整合数据库。数据来源于包括VFDB在内的多个数据库。
- DBETH 对人致病的细菌外毒素数据库，由印度科研机构维护。
- Food Microbe TrackerS Cornell大学主持的食源性致病菌的数据库项目，主要有表型和PFGE分型资料。最大的特点可以提交自己的PFGE数据与数据库中的比对，但可能我使用不当或理解不对，比对出来的结果总是完全对不上，不知道它具体的算法
- Genomespace 基于web界面的基因组分析工具
- MBGD 日本人做的微生物比较基因组数据库
讲座课件
在线的各种PPT讲座课件，这里选择一些基础简介的可见和一些与微生物测序内容相关的课件
视频资料
如果嫌光看课件不够明确，Youtube里有一些不错的测序公司与基因组学视频频道可以收看
网络学校
希望学习一些基础知识的可以通过在线学校资源，里面有一些关于生物信息学的基础课程给没有学过的微生物学研究者入门。还有一些 Perl 或者 Python 脚本语言入门课程，给希望能编写脚本的工作者学习。另外还有一些如进化树分析的理论知识课程也可以参考。
软件工具
生物信息数据分析
- DNAnexus DNAnexus基于云计算的生物信息分析平台
- Seven Bridges
- Tute Genomics
其他
- Biocompare 给购买者提供产品信息和技术资料的网站，对于实验室选择仪器和试剂有所帮助。
- Publons 发表的科研文章的reviewer发布reviews的网站，作者可与reviewer交互讨论
- genohub 提供测序技术及相关服务供应商的搜索信息
- AMD 美国CDC的病原微生物分子检测
- PHGKB of AMD 美国CDC的病原微生物知识库中的AMD相关内容
- Clinicl Informatrics News 临床信息学分析新闻综合