本地安装与基本配置

本节介绍 Galaxy 的最基本下载安装与使用。最适合的场景为个人电脑，单用户使用的情况。

下载与安装

Galaxy 作为一款开源软件，其代码库托管在 http://bitbucket.org ，先安装 mercurial ，然后用 hg 工具将 galaxy 代码库克隆到本地。

~app$ sudo apt-get install mercurial
~app$ hg clone https://bitbucket.org/galaxy/galaxy-dist/
~app$ cd galaxy-dist

可以用 hg branch 命令查看代码分支是否为 stable，如果是其他分支（galaxy代码库有另一分支'default'），切换到 stable 分支：hg update stable。在生产环境下建议使用 stable 分支的代码。

配置与运行

克隆到本地的 stable 代码，一般Linux系统自带Python就可以直接运行了。

~app$ ./run.sh

运行 run.sh，这个shell脚本程序会自动完成初始化数据，依赖库下载，数据库迁移等一系列操作，当看到终端显示serving on http://127.0.0.1:8080时，可以打开浏览器，访问 http://127.0.0.1:8080 即可看到galaxy的界面。

添加官方 toolshed 中的工具

默认的galaxy只带有基本的工具，对于实际工作中需要的各种分析软件，需要添加到自己建立的 galaxy 实例中。

高通量测序的生物信息学软件大多是基于命令行的开源工具。galaxy利用python语言将这些工具粘合到galaxy实例中，使得用户可以在web界面中直接调用命令行工具对数据进行操作。

galaxy有一个toolshed（工具库）的概念：https://toolshed.g2.bx.psu.edu/（官方维护的toolshed），许多著名的工具已经被移植到toolshed中，可以直接被安装到galaxy里，此外也有许多第三方的toolshed包可以添加，甚至掌握了一些python脚本和galaxy xml规范后，也可以自己添加一些分析工具到galaxy中。

除了分析软件外，toolshed还包含创建的数据类型，以及工作流等。

首先修改配置文件 tool_sheds_conf.xml

~$ cp config/tool_sheds_conf.xml.sample config/tool_sheds_conf.xml

其次在galaxy.ini中配置依赖包的安装目录（上一部分已经添加了这个参数，将依赖包安装在tool_dep），然后添加管理员帐号，比如你之前用[email protected]注册的galaxy实例，就将galaxy.ini中admin_users设置为：

admin_users = [email protected]

重启你的galaxy实例，用[email protected]用户登陆，你就有权限访问http://127.0.0.1:8080/admin，在admin界面可以看到Tool sheds下有Search and browse tool sheds链接，点击后可以看到默认的2个toolsheds源。

进入Galaxy main tool shed，工具列表上访有搜索框，在这里输入你要安装的工具名称比如spades后，回车进行检索。

点击结果列表中的spades下拉菜单，选择Preview and install，在转向页面中点击Install to Galaxy后，会出现如下图的提示。

在add new tool panel section中输入Assembly，将spades工具归类到Assembly这个新建的工具类别中，点击页面底部的Install按钮开始安装。

本地安装与基本配置