SUPRI

SUPRI 是主要用来对临床样品的 shotgun metagenomics 测序数据中寻找并鉴定病原的工具。它有2种模式：Fast mode 和 Comprehensive mode。前者可以快速对测序的 reads 进行 Mapping，找到细菌或病毒 reads。后者分析更为详细，除了细菌病毒外还比对了真菌，寄生虫等其他物种数据库，并且进行de novo assembly，对contig也进行 Mapping，虽然耗时更长，但可以获得覆盖度，taxonomic 分类等信息。

1.安装依赖工具

先要安装依赖工具：

• fastQValidator
    http://genome.sph.umich.edu/wiki/FastQValidator
• Minimo (v1.6)
    http://sourceforge.net/projects/amos/files/amos/3.1.0/
• Abyss (v1.3.5)
    http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss
• RAPSearch (v2.12)
    http://omics.informatics.indiana.edu/mg/RAPSearch2/
• seqtk (v 1.0r31)
    https://github.com/lh3/seqtk
• SNAP (v0.15)
    http://snap.cs.berkeley.edu
• gt (v1.5.1)
    http://genometools.org/index.html
• fastq
    https://github.com/brentp/bio-playground/tree/master/reads-utils
• fqextract
    https://gist.github.com/drio/1168330
• cutadapt (v1.2.1)
    https://code.google.com/p/cutadapt/
• prinseq-lite.pl
    http://prinseq.sourceforge.net
• dropcache
    http://stackoverflow.com/questions/13646925/allowing-a-non-root-user-to-drop-cache

2.安装 SUPRI

~/apps$ wget https://github.com/chiulab/surpi/releases/download/v1.0.18/surpi-1.0.18.tar.gz
~/apps$ tar zxf surpi-1.0.18.tar.gz -C surpi

3.建立数据库

~/data$ mkdir -p SNAP_db
~/data$ ~/apps/surpi/create_taxonomy_db.sh

4.运行SURPI

~/data$ ~/apps/surpi/SURPI.sh -z input.fastq
~/apps/surpi$ ./go_input &

5.输出结果

当以 Comprehensive mode 运行后，会产生以下文件夹：

DATASETS_input
deNovoASSEMBLY_input
LOG_input
OUTPUT_input
TRASH_input

结果文件在OUTPUT_input文件夹里，“.annotated” 文件是 SAM 格式或者 -m8 格式的比对结果, taxonomic 信息也在文件中的最后一行中。 “.counttable” 文件是 tab 分割的总结文件。每一行表示不同层面的 taxonomic 注释信息。

Reference

1. SUPRI official