Shotgun 宏基因组测序

16s rRNA 数据有偏向性：

• Degenerate primers Degenerate primers
• PCR Amplification
• Databases
• Does not capture viruses and eukaryotes

主要用于菌群分析。

用途：需要深度测序的数据，样本一般分为：宿主来源，如人或动物等；环境来源，如土壤或水体等。数据分析时，前者一定要考去除宿主缘DNA，后者要高度深度测序对后期拼接有较大帮助。

Methods Protocol

1. DNA isolation
2. Library preparation
3. Sequencing
4. Data QC: FastQC, FastX_toolkit
5. Reads assembly: IDBA-UD, Mira, Velvet/MetaVelvet
6. Partipation: FCP，Phymm/PhymmBL, AMPHORA2, NBC, MEGAN, MG-RAST, CAMERA, IMG/M
7. Analysis: MetaPhAln, PhyloSift/pplacer

Reference

1. Illumina Method
2. Shotgun Metagenomic Sequencing and Analysis