Metagenomics数据分析

病原微生物Metagenomics根据研究内容，可以分为几个方向：whole genomes测序，例如shotgun metagenomics寻找所有序列;16s rRNA测序，例如研究群菌结构；Transcriptome测序，研究整个样品中转录组。

Metagenomics 数据分析的基本流程：

1. Trimming: 切除引物序列，barcode序列等
2. Binnings:
3. OTUs:
4. Chimeras

常用工具：

1. MEGAN
2. mothur
3. QIIME
4. AXIOME & CloVR

Reference

1. Introduction to Metagenomics Data Analysis